Genel Sekreterlik, profesyonel kadrodan oluşan Kurumun icra organıdır. En üst düzey yöneticisi Genel Sekreter olup ve Yönetim Kurulu’na karşı sorumludur. GENÇ-UİK Yönetim Kurulu ve Yönetim Kuruluna bağlı tüm organların toplantılarının organize edilmesi; gündem, karar ve faaliyetlerinin raporlanması; alınan kararların uygulanması; kurumun tüm faaliyetlerinin programlaması, bütçelendirilmesi, icrası ve raporlamasına ilişkin faaliyetleri gerçekleştirmekle görevli ve yetkilidir. Genel Sekreterlik ayrıca Komitelerin çalışmalarını Yönetim Kurulu tarafından belirlenen strateji çerçevesinde yönlendirir ve GENÇ-UİK organları ile ilişkilerinde koordinasyonu sağlar.